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(pourvue) Vers une Meilleure compréhension de l’Inhibition de la CROissance Bactérienne par voie ELECtromagnétique (Projet MICROBELEC)

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Offre n° IMEPLaHC-25012017-RFM

                                                                                 Logo_IMEP-LAHC                     Stage de PFE ou de Master – 2017                

 Vers une Meilleure compréhension de l’Inhibition de la CROissance Bactérienne par voie ELECtromagnétique (Projet MICROBELEC)

Mots-clés : Electromagnétisme, décontamination microbienne, mécanismes d’inhibition de croissance, modélisation numérique

Lieux :
Institut de Microélectronique, Electromagnétisme et Photonique – Laboratoire d’Hyperfréquences et de Caractérisation(IMEP-LaHC)
Minatec – Grenoble – 3, parvis Louis Néel, BP 257
38 016 GRENOBLE Cedex 1
L’Institut de Microélectronique Electromagnétisme et Photonique – Laboratoire d’Hyperfréquences et de Caractérisation (IMEP-LAHC, http://imep-lahc.grenoble-inp.fr), unité mixte de recherche (CNRS/Grenoble INP/UJF/Université de Savoie) de 180 personnes dont les sujets de recherche concernent la micro et la nanoélectronique, la photonique, les microondes. L’équipe sera composée de P. Xavier, PR de l’UGA et de D. Rauly, MCF en charge des aspects modélisation numérique. E. Chamberod, MCF en 61ème section de l’IUT1 de Grenoble, apportera en outre son expertise en instrumentation.

Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE, UGA-CNRS-IRD-G-INP)
70 rue de la Physique, Bâtiment OSUG B , BP 53
38 041 GRENOBLE Cedex 09
L’Institut des Géosciences de l’Environnement (fusion du LTHE et du LGGE au 01/01/2017, http://www.ige-grenoble.fr/) Unité Mixte de recherche (CNRS/Grenoble-INP/IRD/UJF) de 220 personnes dont les activités de recherche concernent les interrelations entre la variabilité du climat, le cycle de l’eau et l’environnement. L’IGE est l’un des laboratoires phares au niveau français en hydrologie. L’équipe sera composée d’un DR CNRS (J. Martins) et d’un AI CNRS en microbiologie et biochimie (E. Vince). Ils ont des compétences reconnues dans le domaine de la microbiologie et la biogéochimie, dans le champ des interactions entre microorganismes, les milieux naturels (sols et eaux) et les polluants minéraux et organiques. L’équipe a accès à des moyens d’études microbiologiques dans les conditions extrêmes (Plateau MOME, Envirhônalp).

Encadrants :
XAVIER Pascal, xavier@univ-grenoble-alpes.fr, 04.56.52.95.69
RAULY Dominique, dominique.rauly@univ-grenoble-alpes.fr, 04.76.82.53.66
MARTINS Jean, jean.martins@univ-grenoble-alpes.fr, 04.76.63.56.04
CHAMBEROD Eric, eric.chamberod@univ-grenoble-alpes.fr, 04.76.82.53.71

Profil du candidat : Bac+5 en ingénierie biomédicale. Le candidat devra avoir une formation d’électronique ou de physique appliquée et de biologie.

Début du stage : 1er février 2017
Date de fin : fin juillet 2017

1.     Contexte scientifique et objectifs

Dans la bataille contre le développement de microorganismes (pathogènes ou non) dans des contextes sanitaires, agroalimentaires ou industriels, outre le processus curatif le plus ancien de pasteurisation (chauffage) nécessitant de grandes quantités d’énergie, les méthodes actuelles sont des actions mécaniques (brossage) et l’action de produits chimiques polluants : acide acétique, soude, peroxyde d’hydrogène, dioxyde de chlore. Malheureusement, certaines souches sont devenues très résistantes à ces désinfectants. Il faut également prendre garde à ce que ces produits agressifs n’altèrent pas les installations industrielles.
L’utilisation de moyens physiques pour la décontamination des eaux n’a été explorée que depuis moins d’un siècle. Le courant électrique continu ou alternatif basse fréquence, d’intensité relativement faible, a d’abord été prouvé comme étant efficace. Ce procédé a été signalé il y a plus de cinquante ans, avec de nombreux rapports ultérieurs. La plupart des articles de la littérature sur le sujet porte sur l’amélioration de l’efficacité des antibiotiques contre les micro-organismes par l’application de courants continus faibles, un phénomène appelé “effet bioélectrique” (Blenkinsopp 1992, Costerton 1994, Giladi 2008).
Plusieurs mécanismes ont été proposés pour cette inhibition : l’électrolyse, la production de dérivés toxiques et de radicaux libres liés aux électrodes ou la modification du pH. De plus, l’application d’un champ électrique pulsé de forte amplitude a été utilisée comme effet non thermique pour l’inhibition de la croissance bactérienne avec comme inconvénient majeur le phénomène d’électro-poration.
Les champs électromagnétiques à haute fréquence (au-dessus du MHz) mais de faibles amplitudes (<1 V/cm) ont été signalés dès les années 2000 comme un moyen d’améliorer la sensibilité des bactéries aux antibiotiques ou pour diminuer leur nombre, même en l’absence d’un antibiotique (Asami  2002, Bai 2006, Caubet 2004).
En exploitant cette idée entre 2011 à 2015, dans le cadre du projet APELBIO issu du programme ECO-INDUSTRIE du Ministère de l’Industrie et porté par la PME LEAS, en collaboration avec SCHNEIDER ELECTRIC et les 2 laboratoires grenoblois impliqués dans le présent projet : IMEP-LAHC (activité « bioélectromagnétisme » au sein du groupe RFM) et IGE (activité microbiologie au sein du groupe HyDRIMZ), nous avons validé un concept expérimental innovant, non polluant et économe en énergie pour la prévention de la contamination microbienne en milieux aqueux. Nous avions noté que la fréquence optimale pour laquelle cette inhibition était maximale semblait dépendre du type de bactérie, ce qui a été confirmé par nos simulations numériques utilisant le logiciel COMSOL Multiphysics avec un modèle élaboré par nos soins (Xavier 2017). Nous avons donc eu l’idée d’utiliser une source de bruit blanc (10kHz-10MHz) à la place d’une source CW. Nos résultats, meilleurs qu’avec une source à fréquence fixe, se situent à l’état de l’art international et ont mené au dépôt d’une demande de brevet en mai 2015. Malheureusement, les mécanismes d’action fins des ondes sur les cellules bactériennes conduisant à l’inhibition de leur croissance n’ont pas pu être identifiés ce qui n’a pas permis d’optimiser notre dispositif. C’est ce que nous ambitionnons de faire dans le cadre du projet MICROBELEC.

2. Objectif du stage et questions de recherche traitées
Le projet MICROBELECvise ainsi à contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires d’interaction ondes électromagnétiques – cellules dans un contexte de décontamination microbienne en phase liquide. Le projet s’appuie sur les travaux récents menés dans le cadre du projet APELBIO cité ci-dessus et vise à les compléter, puisqu’il cherche à identifier les mécanismes d’action des ondes électromagnétiques qui permettent de limiter fortement la croissance de micro-organismes en suspension (bactéries, levures et champignons…). Les différentes étapes du travail doctoral seront donc :

1/ Conception et premières réalisations d’un instrument compact couvrant la gamme 10 Hz – 50 MHz pour des expérimentations sur pilotes. Cet instrument autonome est basé sur la mise en œuvre d’un composant DDS en association avec un microcontrôleur. Il aura la charge de générer de manière parfaitement contrôlée le bruit électromagnétique permettant la décontamination et, alternativement, de mesurer l’impédance détectant l’effet décontaminant. Un premier prototype a déjà été développé récemment et nous a permis de mener des essais préliminaires avec la bactérie Escherichia coli, qui ont mené au brevet précité.

2/ Tests préliminaires de décontamination en suivant une large palette de conditions physiques (balayant des gammes réalistes d’amplitude et de fréquence des ondes électromagnétiques) ou biologiques (le type de bactérie étudié pourrait influencer les effets électromagnétiques déjà observés sur E. coli, nous appliquerons donc nos essais sur une gamme d’espèces bactériennes variables par leur cycle de croissance, morphologie, paroi cellulaire, propriétés de surfaces, …).
D’un point de vue expérimental, ces essais consisteront à traiter des cultures cellulaires obtenues dans différentes conditions et milieux de cultures et en conditions normalisées (mêmes concentration cellulaire initiale, température, agitation, … ). Pour chaque essai, les taux de croissance cellulaire et de viabilité (cytométrie de flux, microscopie de fluorescence, qPCR) et la synthèse d’ATP (mesurée par bioluminescence et reflétant l’état physiologique cellulaire) seront déterminés. Les traitements électromagnétiques (très en-dessous des niveaux menant à des effets thermiques) seront effectués sur les modèles bactériens retenus et représentatifs de différents milieux et contextes (Escherichia coli, Pseudomonas sp, Salmonella anatum, Listeria sp., Bacillus subtilis, Listeria innocua…).

3/ Découverte de la modélisation numérique sous COMSOL Multiphysics des mécanismes en jeu au niveau moléculaire et membranaire lors de l’application des signaux électromagnétiques de faible intensité. Dans nos travaux, le modèle de la bactérie développé en interne sur E. coli fait appel à un modèle purement passif et diélectrique : la bactérie est vue comme une simple coque diélectrique enfermant du sérum physiologique. Ce modèle a permis notamment de cerner la gamme de fréquence conduisant à un courant maximum absorbé par le microorganisme, lorsqu’une tension alternative était appliquée au milieu chargé par les bactéries.
Pour conclure sur le volet « modélisation », il est à noter que toutes ces opérations de simulation sont susceptibles de conduire à l’élaboration d’un schéma électrique équivalent. Cette démarche permettra, grâce à une étude amont systématique basée sur COMSOL Multiphysics, de traiter des cas généraux plus simplement en utilisant des outils gratuits sur le marché (citons par ex. le logiciel SPICE).

3. Références

* Références bibliographiques des proposants
Xavier P., D. Rauly, E. Chamberod and J.M.F. Martins. Theoretical evidence of maximum intracellular currents vs frequency in an Escherichia coli cell submitted to AC voltage. Bioelectromagnet. J. DOI:10.1002/bem.22033.
Archundia D., C. Duwig, L. Spadini, G. Uzu, S. Guédron, M.C. Morel, R. Cortez, Oswaldo Ramos, J. Chincheros, and J.M.F. Martins. How uncontrolled urban expansion increases the contamination of the Titicaca lake basin (El Alto – La Paz, Bolivia). Water, Air and Soil Pollution J. In press. 2017.
Navel A., L. Spadini, J.M.F. Martins, E. Vince and I. Lamy. Soil aggregates as a scale to investigate organic matter versus clay reactivities toward metals and protons. Accepted with revision. Eur. J. Soil Sci. 2017.
Archundia, D., C. Duwig, F. Lehembre, S. Chiron, M-C Morel, B. Prado, M. Bourdat-Deschamps, E. Vince, G. Flores Aviles and J.M.F. Martins. Antibiotic pollution in the Katari subcatchment of the Titicaca Lake: major transformation products and occurrence of resistance genes. Sci. Total Environ. 576 : (15) 671–682. 2017.
Ivankovic T., S. Rolland du Roscoat, C. Geindreau, P. Séchet, Z. Huang and J.M.F. Martins. Development and evaluation of an experimental and protocol for 3D visualization and characterization of bacterial biofilm’s structure in porous media using laboratory X-Ray Tomography. (GBIF-2016-0154). In press Biofouling J.
Simonin M., J.M.F. Martins, G. Uzu, E. Vince and A. Richaume. A combined study of TiO2 nano-particles transport and toxicity on microbial communities under acute and chronic exposures in soil columns. DOI: 10.1021/acs.est.6b02415. Environ. Sci. & Technol. 50: 10693–10699. 2016.
Navel A., G. Uzu, L. Spadini, S. Sobanska and J.M.F. Martins. Combining microscopy with spectroscopic and chemical methods for tracing the origin of atmospheric fallouts from mining sites. J. Haz. Mat. 300: 538. 2015.
Simonin M., J. P. Guyonnet, J.M.F. Martins, M. Ginot and A. Richaume. Influence of soil properties on the toxicity of TiO2 nanoparticles on carbon mineralization and bacterial abundance. J. Haz. Mat. 283: 529-535. 2015.
D. Rauly, E. Chamberod, P. Xavier, J. M.F. Martins, J. Angelidis, H. Belbachir. First approach toward a modelling of the impedance spectroscopic behavior of microbial living cells, COMSOL Conference, Grenoble, 14-16 Octobre 2015
D. Rauly, E. Chamberod, P. Xavier, J. M.F. Martins, J. Angelidis, H. Belbachir, Stochastic Approach for EM Modelling of Suspended Bacterial Cells with Non-Uniform Geometry & Orientation Distribution, 36ème Progress In Electromagnetics Research Symposium (PIERS 2015), Prague (Rép Tchèque), 06-09/07/2015

* Références citées dans le sujet
Asami K. 2002. Characterization of biological cells by dielectric spectroscopy. Journal of Non-Crystalline Solids 305(1–3):268–277.
Blenkinsopp, A E Khoury, and J W Costerton. Electrical Enhancement of biocide efficay against Pseudomonas aeruginosa biofilms. Applied and Environmental Microbiology    Appl. Environ. Microbiol. November 1992 ; 58:11 3770-3773
Bai W, Zhao KZ, Asami K. 2006. Dielectric properties of E. coli cell as simulated by the three-shell spheroidal model. Biophysical Chemistry 122 :136–142.
Caubet R, Pedarros-Caubet F, Chu M, Freye E, de Belém Rodrigues M, Moreau JM, Ellison WJ. 2004. A radio frequency electric current enhances antibiotic efficacy against bacterial biofilms. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 48(12):4662-4664.
Costerton JW, Ellis B, Lam K, Johnson F, Khoury AE. 1994. Mechanism of electrical enhancement of efficacy of antibiotics in killing biofilm bacteria. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 38(12):2803-2809.
Giladi M, Porat Y, Blatt A, Wasserman Y, Kirson ED, Dekel E, Palti Y. 2008. Microbial growth inhibition by alternating electric fields. Antimicrobial Agents Chemotherapy 52(10):3517–3522.
Guiné V, Spadini L, Muris M., Sarret G., Delolme C., Gaudet JP, Martins JMF. 2006, Zinc Sorption to cell wall components of three gram-negative bacteria: a combined titration. Modelling and EXAFS study. Environ. Sci. Technol.  40 :1806-1813.

  • Mots clés : Sciences pour l'ingénieur, Electronique et microélectronique - Optoélectronique, FMNT, IMEP-LaHc
  • Laboratoire : FMNT / IMEP-LaHc
  • Code CEA : IMEPLaHC-25012017-RFM
  • Contact : pascal.xavier@univ-grenoble-alpes.fr
  • Merci de votre intérêt, mais cette offre de Stages est déjà pourvue.

Développement d’un flot de génération automatique de transacteurs

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Offre n° 3386707

Aujourd’hui les applications sont de plus en plus complexes et la conception de systèmes doit supporter des
performances élevées nécessitant l’utilisation de moyens de simulation et d’émulation de plus en plus
importants. La simulation de ces systèmes a plusieurs rôles dans la conception d’architectures. Elle permet
de fournir un support pour le développement des couches applicatives et la validation des applications, mais
également de concevoir, dimensionner, évaluer les performances et d’explorer l’espace de conception afin de
garantir à haut niveau le fonctionnement des solutions matérielles développées. D’autre part, des solutions
d’émulation matérielles sont aujourd’hui de plus en plus utilisées par les industriels pour valider des circuits
numériques de grande complexité. Ces solutions sont des cartes multi-FPGA capables d’émuler des circuits
numériques préalablement décrits en VHDL puis synthétisés via les outils de synthèse FPGA. Elles offrent de
nombreuses possibilités de mise au point et d’observation des différents noeuds du circuit au sein même du
FPGA.
Dans un premier temps, l’objectif de ce stage consistera à réaliser une interface logicielle/matérielle, appelée
transacteur, entre un simulateur logiciel et une carte multi-FPGA. Puis dans un second temps, il s’agira de
trouver une méthode permettant de générer automatiquement ce transacteur en partant d’une description
plus haut niveau (i.e. avec le langage chisel). Il faudra pour cela : étudier les interfaces d’un module matériel,
développer un transacteur matériel en VHDL/Verilog, évaluer la performance du transacteur développé et
finalement proposer un flot de génération automatique de transacteur. Ce stage permettra au candidat
d’approfondir ces compétences en SystemC et VHDL, de maîtriser la conception de circuit via une solution
de prototypage FPGA et les outils de synthèse XILINX. Ce stage pourra faire l’objet d’une publication.

  • Mots clés : Electronique embarquée, Electronique - Electricité, DACLE, Leti
  • Laboratoire : DACLE / Leti
  • Code CEA : 3386707
  • Contact : caaliph.andriamisaina@cea.fr

Mise au point d’outils innovants de traitement hyperspectral en tomographie analytique.

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Offre n° 3386708

La complexité croissante des circuits intégrés nécessite l´usage de microscopes électroniques à transmission (TEM pour transmission electron microscope) de dernière génération permettant une caractérisation structurale, morphologique et chimique à l´échelle nanométrique. Très récemment, des progrès en instrumentation ont permis l’essor de la tomographie analytique, une technique 3D qui est basée sur des modes de spectroscopie tels que la perte d’énergie des électrons (EELS : electron energy loss spectroscopy) ou l’analyse dispersive en énergie (EDX : energy dispersive X-ray spectroscopy). Une acquisition simultanée de ces deux signaux est possible sur les TEM dédiés, permettant ainsi une étude plus complète des échantillons. La tomographie analytique nécessite l’acquisition d’un cube de données hyperspectrales à chaque inclinaison. Ceci implique des temps d’acquisition assez longs, et des doses d’irradiation élevées.
Le but de ce stage est de tester de nouveaux algorithmes afin de trouver un compromis entre (1) la dose et le temps d’acquisition, et (2) la fidélité de la reconstruction. Dans un premier temps, l’étudiant comparera différentes techniques de débruitage spectral et spatial telles que la PCA (Principal Component Analysis) et NL-Means (Non-local Means). Il s’intéressera ensuite à la comparaison de nouveaux algorithmes de reconstruction basés sur le concept de `compressed sensing’ et permettant d’assurer la fidélité de la reconstruction en utilisant des connaissances a priori sur la structure de l’échantillon.
En parallèle, l’étudiant sera formé sur le TEM et assistera à l’acquisition de données tomographiques sur des échantillons fournis par des collaborateurs du LETI.
Le stage se déroulera sur la plateforme de nanocaractérisation de MINATEC (PFNC) de Grenoble, sous la tutelle de Zineb SAGHI (http://www-hrem.msm.cam.ac.uk/people/saghi/, https://scholar.google.com/citations?user=FM5sFZ4AAAAJ&hl=en).

  • Mots clés : Mathématiques appliquées, Mathématiques, DTSI, Leti
  • Laboratoire : DTSI / Leti
  • Code CEA : 3386708
  • Contact : zineb.saghi@cea.fr

Dosage de Biomarqueurs Sanguins: Application au Chevet du Patient

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Offre n° 88338

Le dosage de biomarqueurs sanguins est une étape clé dans la prise en charge d’un patient, que ce soit pour le diagnostic de pathologies mais également pour le suivi de leur traitement. Dans ce but, de nombreux tests de biologie rapides sont actuellement développés. Parmi les différents modes de détection, deux voies ont plus particulièrement retenu notre attention : (1) l’immuno-PCR qui présente comme avantages de coupler la versatilité et la robustesse des immuno-essais avec une amplification du signal détectée par PCR, et (2) l’agglutination des globules rouges autologues. Ces deux modes de détection font appel à des réactifs bispécifiques capables simultanément de reconnaître la cible d’intérêt et de révéler le signal permettant la détection. Les cibles accessibles par cette méthode sont les mêmes que pour la méthode de référence, l’ELISA, également basée sur une immuno-détection de la cible.
Nous proposons dans le cadre de ce stage de développer un test biologique rapide et sensible par agglutination de globules rouges autologues pour la détection de biomarqueurs (voie 2). L’objectif principal est de démontrer la faisabilité d’un dosage direct de cibles dans une goutte de sang total du patient par un dispositif portable (de type Point-of-Care POC). Le but est d’obtenir des limites de détection analogues à celles de l’ELISA. Nous proposons de mettre au point une méthode de détection ultra-sensible basée sur de l’imagerie, avec ou sans lentille. Une telle détection présente plusieurs avantages. Elle permet d’une part d’être réalisée à l’aide d’un capteur de type CMOS à bas coût, ce qui s’avère indispensable pour le développement d’un test POC. D’autre part, l’imagerie permet de réaliser des mesures dynamiques, et donc de suivre en temps réel le déroulement de la réaction d’agglutination. Cette approche a récemment permis la détection du typage sanguin. Elle devrait également apporter une information quantitative suffisante pour le dosage d’un biomarqueur.
Le travail consistera à optimiser la réaction d’agglutination pour permettre son suivi dynamique et ainsi d’en déduire une quantification du biomarqueur. Une poursuite en thèse se consacrera à l’évaluation du dosage quantitatif des mêmes cibles par immuno-PCR et à une comparaison des deux approches. Le travail sera notamment focalisé sur la mise au point d’une approche originale pour l’utilisation de réactifs alternatifs aux anticorps classiquement utilisés, afin d’améliorer l’embarquement et la stabilité du réactif dans le composant microfluidique jetable.
Le stage sera réalisé en collaboration étroite entre le Laboratoire SPrAM (Unité Mixte de Recherche CEA, CNRS, UGA) pour ses compétences en biocapteurs, ligands spécifiques et analyses de données et le LETI/DTBS (Laboratoire de Recherche Technologique) pour ses compétences en imagerie, microfluidique, embarquement de réactifs et miniaturisation.
Des compétences en optique, chimie de bio-conjugation, manipulations des biomolécules et du sang, ainsi qu’une expérience en simulation sont recommandées.

  • Mots clés : Biophysique, Sciences du vivant, INAC, SPRAM
  • Laboratoire : INAC / SPRAM
  • Code CEA : 88338
  • Contact : arnaud.buhot@cea.fr

Suivi de réactions enzymatiques médiées via les cofacteurs NAD/NADH : approches électrochimiques et colorimétriques

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Offre n° 3386712

Actuellement, dans le domaine biomédical, des dispositifs de diagnostics et suivi de traitement se développent afin de faciliter la détection/suivi des pathologies.
Dans ce contexte, le CEA-LETI-DTBS développe des solutions technologiques portables, bas coût et simples d’utilisation en vue de simplifier la prise en charge et de permettre au patient d’avoir une médecine personnalisée. Un des exemples les plus connus d’un tel système est le lecteur de glycémie pour un suivi quotidien par des patients diabétiques.
Les fluides humains (sang total, plasma etc..) contiennent des biomarqueurs pouvant refléter l’état de santé du patient selon le taux dans le fluide.
Pour le dosage des différents biomarqueurs d’intérêt, les réactions enzymatiques simples ou en cascade sont souvent utilisées pour la détection ou l’amplification du signal . Ces réactions font intervenir divers cofacteurs, en particulier le couple NAD/NADH.
Dans ce cadre, nous nous sommes intéressé-e-s à deux voies de détection compatibles à terme avec un dispositif Point of Care (POC) : la colorimétrie et l’électrochimie (ex: le glucomètre).
Le stage consiste à assister l’équipe technique pour comparer ces deux voies. Des modèles réactionnels enzymatiques ont été validés pour les deux méthodes. Les travaux proposés seront focalisés dans un premier temps sur le choix des colorants et des médiateurs électrochimiques. Sur la base des résultats obtenus, une évaluation de la sensibilité et de la gamme dynamiques des deux méthodes de détection sera effectuée afin de déterminer la pertinence des deux techniques.

Le/la candidat-e a des compétences en chimie expérimentale plus particulièrement dans le domaine de la biochimie et l’électrochimie analytiques. Le/la candidat-e possède de la rigueur expérimentale et est force de proposition. Une importante capacité de communication constituera un atout afin de partager les informations entre les membres de l’équipe pluridisciplinaire.

  • Mots clés : Chimie, Chimie, DTBS, Leti
  • Laboratoire : DTBS / Leti
  • Code CEA : 3386712
  • Contact : melanie.alias@cea.fr
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